Refine alignment execution and conversion outputs

[OdimarFalcao]

Refatoracoes concluidas e mantidas no codigo:

1. limpeza do __init__ duplicado em EnhancedAB1Converter
2. configuracao do backend Agg no matplotlib para gerar PNG no Windows
3. correcao do nome do arquivo processado em convert-ab1
4. remocao da redundancia no fluxo de convert-ab1
5. tratamento opcional do plot em convert-ab1-enhanced
6. saida segura no run_tests.py para consoles Windows sem Unicode
7. correcao do smoke test no Windows com fixture de diretorio temporario estavel
8. correcao da chamada do MAFFT no Windows na etapa de consenso
9. adicao da referencia rCRS.fasta e destravamento da analise de dano