Test tutoriel StartBio AG2025

[slecrom]

Bonjour @drosofff

Je viens de terminer de tester la nouvelle version de ton tutoriel, dans l'ensemble tout c'est bien passé. J'ai juste rencontré deux problèmes que j'ai résolus.

1. Lors de la sortie de suspension de la VM, slurm c'est bloqué, les jobs sont passés en grisé. J'ai suivi ton tutoriel pour relancer slurm et cela a marché.
2. J'ai voulu tester la création et l'indexation Bowtie du genome r6.59 mais j'ai eu un message d'erreur et en essayant de savoir pourquoi, je pense que tu l'as déjà fait dans l'image de la VM du cours. Est-ce que c'est le cas ?

En suivant la nouvelle version du tutoriel, je me suis posé plusieurs questions.

• Peut-on rajouter une étape de vérification des paramètres de la VM pour ceux qui vont la construire avec l'interface graphique et s'assurer qu'ils ont bien choisi la bonne machine avec la bonne taille de disque.
• Peut-on avec cette vérification savoir si le disque est un SSD ?
• Tu as laissé tomber la simplification du génome de la droso pour cette nouvelle version du TP. Tu l'as mis à la suite avec une version différente de la version de la bibliothèque de données. Que veux-tu qu'on leur montre de Galaxy le lundi après-midi ? Tu ne veux plus leur montrer l'installation d'un outil ?
• Je n'ai pas bien compris à quelle étape tu voulais t'arrêter dans le tutoriel. J'aimerais faire les histoires avec les données qu'ils vont sélectionner lundi après-midi pour leur répartir les échantillons.

Bon après-midi
Stéphane

[drosofff]

@slecrom ,

Lors de la sortie de suspension de la VM, slurm c'est bloqué, les jobs sont passés en grisé. J'ai suivi ton tutoriel pour relancer slurm et cela a marché.

Normalement ce problème est réglé avec la VMI image-ag2025v20251118-1012 mise en service le nov. 18, 2025, 10:12:47 AM UTC+01:00. J'ai l'impression que cela ne s'est pas joué à grand chose...

J'ai voulu tester la création et l'indexation Bowtie du genome r6.59 mais j'ai eu un message d'erreur et en essayant de savoir pourquoi, je pense que tu l'as déjà fait dans l'image de la VM du cours. Est-ce que c'est le cas ?

Oui, cette année, le génome r6.59 est déjà indexé pour bowtie, et la dbkey est donc "prise" (et disponible pour les outils bowtie).
J'ai donc mis une procédure pour installer, s'ils le souhaitent et si on a le temps, le génome le plus récent, dans la page https://artbio.github.io/startbio/AnalyseGenomes_2025/Preparing_reference/#optional

Peut-on rajouter une étape de vérification des paramètres de la VM pour ceux qui vont la construire avec l'interface graphique et s'assurer qu'ils ont bien choisi la bonne machine avec la bonne taille de disque.

Oui bien sûr. On a même la possibilité que cela soit fait de toute façon de façon automatique et envoyé dans un mail, que tu recevrais 😉 . Je rajoute la commande et crée un check point dans le manuel.

Tu as laissé tomber la simplification du génome de la droso pour cette nouvelle version du TP. Tu l'as mis à la suite avec une version différente de la version de la bibliothèque de données. Que veux-tu qu'on leur montre de Galaxy le lundi après-midi ? Tu ne veux plus leur montrer l'installation d'un outil ?

Je voulais faire ceinture bretelle. Le r6.59 est installée. On peut leur faire installer la r6.65. Le Lundi après midi, il y a les 3 pages qui suivent REFERENCE GENOME : Format conversion using command lines in your Google VM, Format conversion using a galaxy tool (qui fait installer un outil) et Running a galaxy workflow.

J'ai très envie de rajouter un petit exercice sympa qui consiste à compter le nombre de gènes par bras chromosomique de la drosophile à partir d'un GTF et qui est principalement basé sur un outil dont je me sers énormément et qui est Group data by a column and perform aggregate operation on other columns. (Galaxy Version 2.1.4). J'adore cet outil...

Bref... Je ne pense pas qu'on va s'ennuyer le lundi après-midi...

Je n'ai pas bien compris à quelle étape tu voulais t'arrêter dans le tutoriel. J'aimerais faire les histoires avec les données qu'ils vont sélectionner lundi après-midi pour leur répartir les échantillons.

Oui, c'est comme cela que j'avais compris. J'ai prévu de les faire aller seuls jusqu'à ce check point où il doivent montrer qu'ils sont admins.

Les opérations de copies à partir des datalibraries peuvent être faites en cours, et tu peux adapter d'ailleurs à cette étape ce que tu veux leur faire utiliser, différentiellement, comme input data.
J'ai vu qu'il reste un autre checkpoint qui n'est pas vraiment nécessaire puisque qu'on sera ensemble à ce moment...

[drosofff]

Lors de la sortie de suspension de la VM, slurm c'est bloqué, les jobs sont passés en grisé. J'ai suivi ton tutoriel pour relancer slurm et cela a marché.

Je reviens là-dessus pour plus de précision.

Dans le cas où tu as encore la VM @slecrom , est ce que tu peux y entrer la commande après connexion ssh:

# systemctl status slurm-force-resume.service 

Si ça te retourne que le service n'existe pas, alors tout est normal.

si cela te retourne:

○ slurm-force-resume.service - Force Slurm Node Resume after suspend
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/slurm-force-resume.service; enabled; preset: enabled)
     Active: inactive (dead)

Alors c'est que mon patch ne fonctionne pas. Mais de mon côté, je l'ai testé sur presque 10 VM, et je n'ai plus observé de cluster "down*"...

[slecrom]

Merci @drosofff pour tes retours. Lorsque j'ai créé la VM en mode graphique j'ai bien utilisé la version de la VMI image-ag2025v20251118-1012 mais j'ai rencontré le problème avec slurm.

Je viens de me connecter à la VM et j'ai lancé la commande. Voici ce que j'obtiens :

○ slurm-force-resume.service - Force Slurm Node Resume after suspend
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/slurm-force-resume.service; enabled; preset: enabled)
     Active: inactive (dead)

Sinon ta proposition de leur faire faire un exercice me va tout à fait et s'arrêter au checkpoint pour vérifier qu'ils sont bien admin c'est top.

[drosofff]

OK @slecrom ... bon, pas top comme nouvelle. J'ai vu que tu viens de redémarrer une VM ;-) essaye de ne pas la détruire. Tu peux soit la stopper, soit la suspendre. Si tu as le même problème il faudra que je l'expertise pour voir pourquoi le patch de reconnexion automatique du noeud slurm (pour le faire passer de down* à idle) ne fonctionne pas.

De mon coté, pour le moment, je n'arrive pas à reproduire cette erreur, c'est frustrant...

[slecrom]

Je comprends. De mon côté je me bats avec le VPN de Pasteur pour tester l'accès aux VM depuis le campus.

[drosofff]

VPN de Pasteur

😢